Aplikatura (palcowanie) saksofonowa jest, w porównaniu z innymi instrumentami dętymi - łatwa. Być może dlatego saksofon wyparł atrakcyjną ale niezwykle trudną w palcowaniu ofiklejdę. Aplikatura saksofonu oparta została na modnym w latach trzydziestych XIX w. systemie Boehma, desygnowanym początkowo fletowi, który przeniesiono także na klarnet i obój. Obok drewnianego stroika, to właśnie aplikatura charakterystyczna dla instrumentów dętych drewnianych , istota konstrukcji powoduje, że mimo metalowej konstrukcji saksofon zaliczany jest do dętych instrumentów drewnianych.

Palcowanie saksofonu jest intuicyjne, logiczne i powtarzające się o obydwu oktawach. Pewną trudność stanowić mogą jedynie skrajne dźwięki skali ale i te ze względu na spore rozmiary klapek i mechanizmów wyzwalających są łatwiejsze niż w wielu innych instrumentach dętych. Łatwość opanowania w stopniu podstawowym tego instrumentu być może jest przyczyną jego wyboru . Być może dlatego więcej jest saksofonistów od np. zwolenników bardzo trudnego na początku nauki puzonu.

Fakt posiadania klapek i mechanizmów zamykających otwory rury saksofonu powoduje, że pozycja, ułożenie ręki nie jest tak istotna jak w instrumentach z otworami zamykanymi opuszkami palców. Niemniej oczekiwania względem sprawności technicznej saksofonu są tak wygórowane ( za sprawą licznych wirtuozów tego instrumentu), że już na etapie nauki warto przyjrzeć się prawidłowemu ułożeniu rąk, dłoni i palców a także wybrać ulubione i ergonomiczne palcowanie. Takie prawidłowe położenie dłoni i palców skróci czas niezbędny do osiągnięcia poszczególnych dźwięków a co za tym idzie usprawni szybkość gry.

Nie bez znaczenia są tu także ćwiczenia na rozluźnienie rąk i palców, Należy zwrócić szczególną uwagę na podnoszenie palców i przemieszczanie dłoni w czasie grania dźwięków nasadą palców.

Najwięcej uwagi należy poświęcić małemu palcowi lewej ręki, który nie dość, że najsłabszy to obsługiwać ma największe dźwignie dolnego Bb, H i Cis a także często używaną dźwignie klapy Gis. Lewa ręka jest na saksofonie niewspółmiernie bardziej wykorzystywana od prawej. Kciuk obsługuje klapę oktawową, palec wskazujący dodatkowe klapki b i wysokie f a nasada palców ma za zadanie obsługiwać wysokie d, es, e i f.

Trzeba wiedzieć, że na saksofonie istnieją alternatywne sposoby palcowania: jeden dźwięk można uzyskiwać na kilka, czasami wiele sposobów. Oprócz aplikatury standardowej można wykorzystywać nietypowe lub alternatywne sposoby palcowania. Należy jednak zdawać sobie sprawę z pewnych ograniczeń. Te zastępcze palcowania nie udają się na wszystkich saksofonach tak samo, czasami mogą gorzej ( albo lepiej) stroić i brzmieć, bywają trudne technicznie. Czasami ich osiągniecie wymaga żmudnego ćwiczenia.

Na saksofonie można wydobywać wielodźwięki. Nie tworzą one na ogół akordów w pojęciu klasycznym a raczej dysonansowe klastery dźwiękowe, chociaż w nielicznych przypadkach mogą one uzyskać zabarwienie funkcyjne. Używane bywają one raczej ze względu na swoje ciekawe właściwości brzmieniowe, sonorystyczne, częściej w muzyce współczesnej niż jazzowej czy estradowej.

Wielodźwięki bywają kapryśne, nie odzywają się na wszystkich saksofonach tak samo, bywa, że stroją inaczej, że wymagają żmudnego ćwiczenia. Do zwyczaju należy też podawanie w nutach palcowania wielodźwięku dla pewności kompozytora, że o taki a nie inny efekt chodziło.

Podobnie, jeśli idzie o wykorzystanie ćwierćtonów. Także one mają oddzielną aplikaturę, ich barwa różni się od barwy dźwięków podstawowych, zwykle jest bardziej matowa. Niestety palcowanie ćwierćtonów jest na tyle niewygodne, że raczej nie umieszcza się ich w długich następstwach ani szybkich tempach.